В республике для защиты от наводнений расчищают русла рек. В этом году закончены работы на Кынгырге и Улюкчикане, масштабные работы идут на реке Уде в Улан-Удэ. Благодаря этому более чем двум тысячам домохозяйств не будет грозить подтопление.
В настоящий момент разрабатывается проектно-сметная документация по капитальному ремонту Зарубинской защитной дамбы Джидинского района, защитных дамб на реке Верхняя Ангара в селе Уоян Северо-Байкальского района и на реке Цакирка в селе Далахай Закаменского района. Капремонт планируется провести в рамках ФПЦ «Развитие водохозяйственного комплекса».
За счёт федерального бюджета в 2016 году завершены работы по расчистке русла реки Кынгырга в селе Аршан Тункинского района, таким образом защищено от наступления большой воды 770 человек. Также выполнены работы по расчистке русла реки Улюкчикан Баргузинского района, где проживают около 400 человек. Работы по расчистке русла реки начаты и в Улан-Удэ, а завершатся только в следующем году.