Почти половина проб воды, взятых из реки озер, не соответствуют требованиям по санитарно-химическим показателям, 17% - по микробиологическим, и менее одного процента - по паразитологическим показателям. Так, небезопасно купаться в реке в реке Желтуре на границе с Монголией. Превышение гигиенических нормативов по микробиологическим показателям установлено и в реке Джида в селах Джида и Петропавловка, вблизи детского оздоровительного лагеря «Черемушки», в устье Селенги у с. Истомино.
Также санитарные врачи исследовали 75 проб почвы пляжей, почти 3% из них не соответствует гигиеническим нормативам по микробиологическим показателям.